Una de las funciones mas apreciadas por los seres humanos es la depuración de aguas. Los humedales tienen la capacidad de eliminar eficazmente las altas concentraciones de nitrógeno y fósforo que se que se encuentran en las escorrentías agrícolas. La importancia de la depuración de aguas radica en prevenir la eutrofización de las aguas, lo cual lleva un acelerado crecimiento de algas y plantas, seguido del agotamiento del oxigeno, lo que afecta a las otras especies. Además, muchas plantas que se encuentran en los humedales naturales   son capaces de eliminar sustancias tóxicas procedentes de plaguicidas, descargas industriales y actividades mineras (Ramsar, 2000). Los humedales tienen la capacidad de hacer frente a las altas concentraciones de nutrientes con mucha efectividad. Por ejemplo en los pantanos de cipreses en la Florida, el 98% y 97% de todo el nitrógeno y el fósforo respectivamente que entran en los humedales con aguas residuales, son eliminadas antes de que éstas aguas lleguen a la aguas subterráneas.